九三学社南昌市委员会成立于1985年9月3日。1959年3月15日,九三学社中央批示成立九三学社南昌学习小组,薛士良任组长,另有社员3人。学习小组在九三学社中央和中共南昌市委直接领导下开展活动,学习小组每月聚集在一起活动一次,到1966年5月社员人数增加到13人。1981年10月25日,九三学社中央来函指示成立九三学社南昌直属小组,组长廖延雄,副组长薛士良,另有社员7人。1985年8月3日,经九三学社江西省工作委员会筹备组批准,九三学社南昌市工作委员会筹备组成立,组长薛士良、副组长彭恭勋、组员闵兆铭,时有社员33人。同年9月1日至5日,九三学社南昌市社员大会召开,会上选举产生了九三学社南昌市第一届委员会。到2020年12月,九三学社南昌市委已选举产生八届委员会。九三学社南昌市历任主委为:薛士良、关德华、李广振,现任主委为:魏宏平。

截至2021年12月,九三学社南昌市共有总支(基层委员会)1个,支部(社)20 个,小组 8个,成员 690人。其中,具有中级以上职称的 554人,占成员总数的80.3% 。社员中担任各级人大代表政协委员的共119人(其中省属5人)。